Kritik terhadap implementasi UU 38/1999 adalah terjadinya krisis kepercayaan (distrust) kepada pemerintah dalam proses pengelolaan zakat, mulai dari tingkat pengumpulan hingga pendistribusian. Untuk itu harus dilakukan upaya solutif demi terbangunnya kepercayaan masyarakat kepada pemerintah dalam pengelolaan zakat. Memfokuskan proses dan prosedur pengelolaan zakat pada asas kemandirian, asas kepercayaan dan asas kemanfaatan. Dengan memberikan porsi besar